안녕하세요 오늘은 수출입기업이 경비 절감 방법으로 활용할 수 있는 방법 중 하나인 수입 부가세 납부 유예 제도에 대하여 알아보겠습니다.
수입 부가세 납부 유예 제도란?
수출업체 부담 완화제도
수입 부가세 납부 유예 제도란 매출액에서 수출액이 차지하는 비율이 일정 비율 이상인 중소 중견 업체에 대하여 수입 시 발생하는 부가가치세를 납부 유예 해주는 제도를 말합니다.
물품을 수입신고하게 되면 해당 물품의 가격에 따라 관세 및 부가세가 발생하는데요 부가세의 경우에는 예정, 확정신고를 통하여 추후 매입세액을 공제받게 됩니다.
납부한 부가세를 나중에 매입세액 공제받게 된다고 하더라도 부가가치세 납부 후 정산 신고 시까지 자금이 묶이는 상황이 발생하는데요.
수입 부가세 납부 유예를 승인받는 경우 수입 시 납부하는 부가가치세를 정산 신고 시까지 유예 받았다가 한 번에 정산하실 수 있습니다.
수출업체의 부담 완화제도 중 하나인 수입부가세 납부 유예 제도를 통하여 중소, 중견 수출입업체들은 매 수입 건마다 자금 부담이 완화되고 이자비용 등을 절감할 수 있습니다.
특히 FTA 적용 등 관세가 발생하지 않는 물품을 수입하는 업체의 경우 수입 시 납부하여야 할 세금이 없어지기 때문에 수납의 편리성이 증대되는 효과가 있습니다.
부가가치세법 제 50조의 2(재화의 수입에 대한 부가가치세 납부의 유예)
① 세관장은 매출액에서 수출액이 차지하는 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 중소ㆍ중견사업자(이하 이 조에서 “중소ㆍ중견사업자”라 한다)가 물품을 제조ㆍ가공하기 위한 원재료 등 대통령령으로 정하는 재화의 수입에 대하여 부가가치세의 납부유예를 미리 신청하는 경우에는 제50조에도 불구하고 해당 재화를 수입할 때 부가가치세의 납부를 유예할 수 있다. <개정 2016. 12. 20.>
② 제1항에 따라 납부를 유예받은 중소ㆍ중견사업자는 납세지 관할 세무서장에게 제48조에 따른 예정신고 또는 제49조에 따른 확정신고 등을 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 납부가 유예된 세액을 정산하거나 납부하여야 한다. 이 경우 납세지 관할 세무서장에게 납부한 세액은 세관장에게 납부한 것으로 본다. <개정 2016. 12. 20.>
③ 세관장은 제1항에 따라 부가가치세의 납부가 유예된 중소ㆍ중견사업자가 국세를 체납하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 그 납부의 유예를 취소할 수 있다. 이 경우 세관장은 해당 중소ㆍ중견사업자에게 그 취소 사실을 통지하여야 한다. <개정 2016. 12. 20.>
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 납부유예의 신청 절차, 납부유예 기간 및 그 밖에 납부유예에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
수입 부가세 납부 유예 대상 업체
다만 모든 수출입업체가 납부 유예 대상이 되는 것은 아닌데요.
부가가치세법 시행령에 납부 유예 대상 업체에 대한 조건을 정하고 있으며 대상은 다음과 같습니다.
- 조세특례제한법에 따른 중소·중견 제조기업
- 중소기업의 경우 매출 대비 수출액 비중이 30% 이상 또는 50억원 이상
- 중견기업의 경우 매출 대비 수출액 비중이 30% 이상
- 최근 3년간 계속 사업을 경영하고 관세법 및 조세범처벌법에 따른 처벌사실이 없는 경우
- 최근 2년간 관세 및 국세 체납 사실이 없고 납부유예 취소 사실이 없는 경우
수입 부가세 납부 유예 업체 신청 절차
납부 유예 업체로 신청하기 위해 기존에는 첨부 서류 등을 직접 세관에 제출하여야 했지만 2024년 4월부터 관세청 유니패스를 통하여 신청이 가능해졌습니다.
부가세 납 부유예 요건 확인 서류를 세무서에서 받아야 하는 절차는 기존과 동일합니다. 납부 유예 대상 업체에 해당하는 경우 증빙서류를 제출하고 세무서에서 납부 유예 요건 확인서를 받으실 수 있습니다.
그 후 관세청 유니패스를 통하여 통관고유부호, 관할지 세관, 지정 요건 등을 입력하시고 납부 유예 요건 확인서류를 첨부하시어 신청하실 수 있으며 처리 현황에서 접수, 승인, 기각 등의 처리 상태 확인이 가능합니다.

수입 부가세 납부 유예 적용 절차
납부 유예 신청이 승인되면 관할 세관에서는 승인내역을 세관 시스템에 등록하게 됩니다.
시스템에 등록된 이후 수입신고 진행 시 납부고지서에는 부가세를 제외한 세금만 고지되며 부가세의 경우 “납부 유예”표시가 적히며 금액이 고지되지 않습니다.
FTA 세율로 관세가 없거나 기본세율이 0%인 물품을 수입하시는 경우 고지금액이 없으며 부가가치세 신고 시 정산만 해주시면 되겠습니다.
오늘은 수입부가세 납부 유예 제도에 대하여 알아보았는데요. 해당 제도 외에도 수출 기업에 대해서는 관세청에서 지원해 주는 제도가 많으니 이를 활용하여 경비 부담을 줄이시면 좋을 것 같습니다.
추후 기업 부담을 완화할 수 있는 제도들을 포스팅해 보도록 하겠습니다.
즐거운 하루 보내세요.



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